1 - Um Novo Dia na Mesma Cidade

Enquanto Olivia se envolve em um acidente de carro e Walter faz planos para o aniversário de Peter, alguém inesperado procura um dos membros do time.

2 - Objetos Desejáveis

As circunstâncias que envolvem Olivia se intensificam, e o time Fringe investiga um caso sinistro de mutação genética.

3 - Ruptura

Peter, Walter, Olivia e Broyles tentam desvendar uma ocorrência mortal em que uma bomba estourou em uma estação de trem sem deixar nenhum rastro de explosivo.

4 - Impulso Adiado

Se recuperando de um encontro traumático com William Bell, Olivia consome uma mistura preparada por Dr. Bishop para estimular a memória.

5 - Lógica dos Sonhos

O time vai a Seattle para investigar um caso em que um homem atacou o chefe por acreditar que ele era uma criatura do mal.

6 - Terráqueo

O time investiga um caso intrigante, no qual as vítimas inexplicavelmente se desintegram em cinzas. O caso sombrio lança luz sobre o passado do agente especial Phillip Broyles.

7 - Ação Humana

Em meio a um sequestro, as autoridades nova iorquinas descobrem a existência de uma força misteriosa com consequências alucinantes.

8 - August

Quando um dos misteriosos Observadores sequestra uma mulher, o time é chamado para investigar o motivo.

9 - Parasitismo

Depois que um navio de carga encalha, o litoral fica cheio de corpos que hospedam uma criatura gigante semelhante a uma lula.

10 - Massa Cinzenta

O time inicia uma investigação quando um paciente de um hospital psiquiátrico passa por uma cirurgia improvisada, que deixa o cérebro exposto.

11 - Renascimento

Um adolescente volta dos mortos possuído por um soldado militar que desapareceu. Walter faz um experimento para que a equipe Fringe possa encontrar o assassino do soldado.

12 - Janela de Johari

Após um ataque inexplicado envolvendo humanos desfigurados, o time vai a uma cidade pequena a procura de pistas sobre o caso bizarro.

13 - O Que Há Por Baixo

Dentro de um escritório em Boston, um homem entra em colapso e suas veias explodem, fazendo o sangue jorrar por toda a parte.

14 - O Retorno de Bishop

Quando os convidados de um casamento morrem sufocados, o time investiga como e por que a toxina chegou até eles.

15 - Jacksonville

Quando um tremor violento atinge um prédio em Manhattan, apenas um homem sobrevive, fazendo o time acreditar que ele não seja desse mundo.

16 - Peter

Walter explica as origens de Peter para Olivia e revela quem é a mãe de seu filho.

17 - Olivia. No Laboratório. Com um Revólver.

Quando uma mulher saudável é encontrada morta de uma doença que ela nunca teve, o time decide investigar a origem desse mal antes que ele atinja outras vítimas inocentes.

18 - Tulipa Branca

Os passageiros de um trem são mortos e têm sua energia drenada de forma inexplicável.

19 - O Homem do Outro Lado

Dois adolescentes aparecem "mortos" em um armazém abandonado, com uma marca registrada dos metamorfos do mundo alternativo em seus corpos.

20 - Coração Partido

Enquanto Walter lida com notícias preocupantes, ele conta uma história a Ella, sobrinha de Olivia, com direito à performance musical da agente.

21 - Assassinatos em Noyo

Peter se une a uma delegada na investigação de assassinatos em série, que podem estar ligados a Thomas Newton.

22 - Do Outro Lado - Parte 1

Walter e Olivia viajam para o universo paralelo, e o confronto esperado entre Walter Bishop e William Bell acontece.

23 - Do Outro Lado - Parte 2

Sacrifícios são feitos e os dois universos podem nunca mais ser os mesmos, quando Walter e Olivia visitam o outro lado.