1 - Piloto

Uma aeronave naval experimental colide em Oahu, e Tennant e sua equipe devem encontrar quem está por trás disso antes que informações confidenciais de estado sejam expostas.

2 - Explosão

O NCIS deve derrubar a notável equipe de ladrões internacionais que usa explosivos da Segunda Guerra em carros-fortes antes que ela conclua sua última missão e desapareça.

3 - Recrutador

Kai se infiltra numa das mais antigas gangues de surfe do Havaí quando um suboficial, que tenta ajudar jovens rebeldes a encontrar um novo caminho na Marinha, é assassinado.

4 - Paniolo

Quando um paniolo é baleado ao montar seu cavalo, Jane e sua equipe devem ganhar a confiança da comunidade para ajudar a encontrar os culpados e a proteger a vida dele.

5 - Gaijin

Um marinheiro japonês é morto em solo americano, e o caso está ligado ao homicídio de sua namorada. O NCIS deve encontrar o assassino antes que o caso gere uma crise diplomática.

6 - A Turista

Tennant e o NCIS são encarregados de encontrar uma digital influencer sequestrada, eles descobrem que ela não é quem o marido e seus seguidores pesam que ela é.

7 - Salva-vidas

Quando um suboficial da Marinha é assassinado, Jane e sua equipe investigam enquanto protegem uma colega e namorada da vítima.

8 - Legado

Uma manifestante anticapitalista é assassinada. Jane e a equipe investigam e se envolvem numa guerra entre ecoativistas e uma empresa bilionária que disputam um lote de terra.

9 - Impostor

A equipe NCIS investiga um caso arquivado envolvendo uma ossada da Segunda Guerra, no 80º aniversário dos bombardeios de Pearl Harbor.

10 - Perdido

O NCIS cruza o caminho da equipe de Whistler enquanto investiga um contêiner cheio de armas contrabandeadas.

11 - O Jogo

Quando evidência para prender um chefão das drogas é roubada, Lucy vai disfarçada a um torneio clandestino de poker para descobrir qual apostador está por trás do crime.

12 - Espiões (1)

Quando o NCIS investiga a misteriosa morte de um engenheiro naval, descobre-se que a última pessoa com quem ele se encontrou foi Maggie Shaw, mentora de Jane, que foi sequestrada.

13 - Espiões (2)

Jane investiga o sequestro de Maggie e se choca ao descobrir a verdade. Ela recruta sua equipe e a de Whistler para provar suas descobertas.

14 - Quebrado

A equipe investiga um caso misterioso de fuzileiros navais com os canais auditivos danificados pelo uso de uma arma de ondas ultrassônicas.

15 - Piratas

Jesse aproveita um dia velejando com sua filha, e piratas atacam e capturam seu iate. A equipe então deve localizar e resgatar a filha dele rapidamente.

16 - Monstro

Kai se disfarça de chef num restaurante local para reunir informações sobre um notável mestre do crime que tem uma conexão com o estabelecimento.

17 - Violação

Quando uma tentativa de ataque digital causa o mal funcionamento de uma barragem, Ernie e uma equipe de hackers são encarregados de encontrar o culpado.

18 - Torres e Tennant

Os agentes Nick Torres e Jessica Knight do NCIS viajam para o Havaí quando ficam sabendo que uma testemunha-chave em um dos seus antigos casos apareceu lá com evidências cruciais.

19 - Cuidados

A equipe NCIS investiga um acidente com uma embarcação que carregava animais exóticos, que agora ameaçam a vida selvagem nativa de Oahu.

20 - Turno da Noite

Quando um marinheiro é envolvido num assassinato, a equipe NCIS é chamada para trabalhar no caso em seu dia de folga.

21 - Episódio 21

O Capitão Milius retorna ao Havaí para uma operação secreta de troca de prisioneiros, e leva Jane para ser sua escolta de segurança pessoal nas Filipinas, onde a troca ocorrerá.

22 - Episódio 22

O Capitão Milius continua a trabalhar com Tennant e sua equipe no desenrolar da troca de prisioneiros entre os EUA e o leste europeu.